Não há muitos elementos que possam comprovar as origens da sede ou dos outros lugares da freguesia. É quase certo que São Caetano já existia como pequeno aglomerado no século XVI. Terá sida povoada certamente por colonos vindos do norte e dos arredores de Cantanhede à procura de terras cultiváveis. Estas terras pertenciam aos Condes de Cantanhede, mais tarde Marqueses de Marialva, e ao mosteiro de Santa Cruz em Coimbra. Esta área pertencia à paróquia de São Pedro de Cantanhede.
Como dádiva dos Marqueses de Marialva, foi mandado construir-se uma Capela por volta do Século XVI em honra do beato Caetano de Thiene, italiano fundador da Ordem dos Clérigos Regulares. Sua construção deve-se a uma promessa da condessa pela virtude da confiança em Deus que o povo local depositava, trabalhando em terras que nem sempre eram suas. O templo localizava-se numa parte mais elevada em relação aos outros lugares, dando assim origem à povoação actual, na medida em que o povo construia casas em redor do mesmo. A paróquia veio a ser criada por decreto episcopal em 1926. Mais tarde a pequena igreja foi ampliada e finalmente reconstruida, permanecendo São Caetano como padroeiro e reconfirmado órago da nova paróquia.
A origem desta pequena aldeia de São Caetano e lugares lemítrofes deve-se à formação de pequenos grupos de colonos provenientes da região e do norte de Cantanhede, que foram atraídos às verdes e aráveis terras que hoje fazem parte dos 17,23Km2 desta Freguesia. A primeira fixação destes colonos deve ter ocorrido inicialmente junto às Valas da Veia e do Corgo por volta do século XII. Eram primeiro agricultores e mais tarde também moleiros. De ascendência vária, construíram pequenos moinhos junto dos cursos de água, de onde regavam as suas plantações hortícolas e as suas pastagens verdejantes. Vivia-se então predominantemente das moagens de cereais, e mais tarde o milho com a descoberta das Américas.
Estes moleiros transportavam os pesados sacos de cereais e farinha usando jumentos e éguas. Como trabalhavam em terras pertencentes aos condes Meneses ou aos frades crúzios de Santo Agostinho, já no século XIV eram bem conhecidos pelo seu trabalho habilidoso e honesto. É em gratidão desta devoção para com os condes e o clero que lhes é oferecida uma capela.
Com aspiração de autonomia e porque a sede de freguesia ficava longe, a freguesia administrativa foi finalmente criada no dia 12 de Julho de 1985.
É curioso referir que esta freguesia aparece mencionada em alguns romances, nomeadamente, “Abelha na Chuva” da autoria de Carlos de Oliveira, escritor originário da vizinha freguesia de Febres.
